ต่อมาในรัชสมัยของพระเจ้าพังคราช อำนาจของขอมแห่งเมืองอุโมงคเสลามีมากขึ้น สามารถรบชนะพระเจ้าพังคราชและถูกขับไล่ไปอยู่ที่เวียงสีทอง ครั้นต่อมาพระเจ้าพรหม ผู้เป็นพระราชโอรสของพระเจ้าพังคราช สามารถปราบปรามพวกขอมลงได้สำเร็จ จึงได้อัญเชิญพระเจ้าพังคราชกลับมาครองราชสมบัติที่เมืองโยนกนาคพันธุ์ตามเดิม จากนั้นอาณาเขตของเมืองนาคพันธุ์ได้แผ่ขยายกว้างออกไปอีก โดยไปสร้างเวียงไชยปราการ และพระเจ้าพรหมได้ทรงครองราชย์อยู่ที่นั่น ต่อมาในรัชกาลของพระเจ้าไชยศิริ เวียงไชยปราการก็ถูกรุกรานโดยกษัตริย์จากเมืองสะเทิม พระเจ้าไชยศิริเห็นว่าสู้ไม่ได้ จึงอพยพไปอยู่ที่เวียงกำแพงเพชรส่วนทางเมืองโยนกนาคพันธุ์นั้น ก็ยังคงมีกษัตริย์ปกครองต่อมา จนถึงรัชกาลของพระเจ้ามหาชัยชนะ ก็เกิดเหตุอาเพศ เมืองล่มจนกลายเป็นหนองน้ำไป

เรื่องราวของเมืองโยนกนาคพันธุ์ที่ได้กล่าวมานั้นเป็นเพียงพงศาวดาร แต่การถือกำเนิดขึ้นของเมืองเชียงแสนที่ชัดเจนนั้นน่าจะอยู่ในรัชสมัยของพญามังราย เพราะพระองค์ทรงเป็นกษัตริย์ที่มีตัวตนอยู่จริงในประวัติศาสตร์ คำว่า "เชียง" นั้นเป็นภาษาของชนเผ่าไตโบราณ ที่เรียกชื่อเมืองหรือมีขนาดใหญ่ระดับเมืองว่า "เวียง" หรือ "เชียง" เช่น เชียงขวาง,เชียงลุ้ง,เชียงตุง,เชียงม่วนเหล่านี้เป็นต้น ดังนั้นคำว่า "เชียงแสน" น่าจะมีความหมายว่า "เมืองของแสน" และคำว่า "แสน" นั้นน่าจะมาจากพระนามของพระ-เจ้าแสนภู ผู้เป็นพระราชนัดดาของ พญามังราย ซึ่งใน "พงศาวดารโยนก" ของพระยาประกิจกรจักร( แช่ม บุญนาค )ฉบับพิมพ์เมื่อปี พ.ศ.2504 หน้า309 มีความว่า "ให้ขุดคูและก่อปราการพระนครสามด้าน แต่ด้านตะวันออกเว้นไว้ เอาแม่น้ำเป็นคูของปราการเวียงตั้งพิธีฝังหลักเมืองในวันศุกร์ เดือน 7 ขึ้น 2 ค่ำ ปีมะโรง จุลศักราช 690 ยามแตรค่ำ ไว้ลัคนาราศีตุล วงปราการด้านหลัง700วา ด้านยาวไปตามแม่น้ำของ( โขง ) 1500 วา" ได้บันทึกไว้ไว้
ในช่วงระหว่างปี พ.ศ.1831 พญามังรายพระราชอัยกา , พญาไชยสงครามพระราชบิดา ของพระเจ้าแสนภู ทรงโปรดให้พระองค์เดินทางไปสำรวจทำเลที่จะสร้างเมืองขึ้นอีกเมืองหนึ่ง พร้อมด้วยข้าราชบริพารและราษฎรเมืองเชียงใหม่ ลำพูน เสด็จลงเรือแพล่องไปตามลำน้ำกก 7 วัน 7 คืน จนถึง"สบกก" อันเป็นปากแม่น้ำไหลมาประจบกับแม่น้ำโขง จึงโปรดให้ตั้งค่ายพักแรมขึ้นชั่วคราว( ปัจจุบันตั้งอยู่บริเวณเชียงแสนน้อย ) หลังจากสำรวจบริเวณนั้นอย่างถี่ถ้วนแล้ว ทรงเห็นว่าบริเวณหนึ่งห่างจากเวียงสาไปประมาณ 7 กิโลเมตรทางทิศเหนือ มีความเหมาะสมหลายอย่างที่น่าจะสร้างบ้านแปลงเมืองได้ ดังนั้น"เวียงเก่า"หรือ"เชียงแสน"จึงฟื้นคืนเป็นบ้านเป็นเมืองอีกครั้ง
ต่อมาพญาไชยสงครามพระราชบิดาของพระเจ้าแสนภูถึงทิวงคต ณ. เมืองเชียงใหม่ แผ่นดินจึงว่างกษัตริย์ พระเจ้าแสนภูจำต้องเสด็จกลับไปปกครองเมืองเชียงใหม่ กาลต่อมาเมื่อพญาคำฟูพระราชโอรสเติบใหญ่ จึงทรงให้เสวยราชย์แทนพระองค์ พระเจ้าแสนภูทรงผูกพันกับเมืองเชียงแสนในฐานะที่พระองค์ทรงสร้างและทำนุบำรุงด้วยดีมาตลอด จึงทรงเสด็จกลับไปปกครองดูแล
เมืองเชียงแสนอีกครั้ง เมื่อปีพ.ศ.1875 จวบจนสิ้นพระชนม์เมื่อปีพ.ศ.1877ขณะมีพระชนมายุได้ 60 พระชันษา จากนั้นพระเจ้าคำฟูทรงย้ายจากเชียงใหม่มาประทับที่เมืองเชียงแสนตลอดรัชกาล แต่หลังจากสมัยพระเจ้าคำฟูแล้ว เมืองเชียงแสนคงลดฐานะลงเป็นเมืองอุปราชเท่านั้น เพราะรัชกาลพระเจ้าผายู โปรดให้พระเจ้ากือนาราชโอรส มาปกครองเมืองเชียงแสนแทน หลังจากนั้นตั้ง
แต่รัชสมัยพระเจ้ากือนาเป็นต้นมา เมืองเชียงแสนก็ถูกลดฐานะลงไปอีก เพราะกษัตริย์ในรัชกาลต่อๆมา ทรงแต่งตั้งเพียงพระราชวงศ์หรือขุนนางที่มีความดีความชอบ ขึ้นมาปกครองในฐานะเจ้าเมืองแทน ทำให้เมืองเชียงแสนคงอยู่ในฐานะหัวเมืองหนึ่งเท่านั้นอย่างไรก็ตาม แม้ว่าเมืองเชียงแสนจะถูกลดฐานะเป็นเพียงหัวเมือง แต่ผู้ปกครองเมืองเชียงแสนต่างก็ทำนุบำรุงบ้านเมืองและศาสนา
สร้างวัดวาอารามมากมาย ซึ่งในปัจจุบันยังคงปรากฏซากวัดร้างในกำแพงเมืองเก่ามากถึง 75 วัดและนอกกำแพงเมืองอีก 66 วัดซึ่งแสดงให้เห็นถึงความเจริญรุ่งเรืองของเมืองเชียงแสนเป็นอย่างสูงในอดีต
จนกระทั่งราวปีพ.ศ.2100 เมืองเชียงแสนก็ตกเป็นเมืองขึ้นของพม่า พร้อมกับเมืองเชียงใหม่และอีกหลายเมืองในอาณาจักรล้านนา ต่อมาราวปีพ.ศ.2143 ในรัชกาลของสมเด็จพระนเรศวรมหาราช เจ้าเมืองเชียงใหม่ มังธนาช่อ ยอมสวามิภักดิ์ต่อกรุงศรีอยุธยา พระนเรศวรโปรดฯให้จัดการปกครองเมืองเชียงใหม่และให้ ออกญารามเดโชไปครองเมืองเชียงแสนเมืองเชียงแสนอยู่ภายใต้ขัณฑสีมาของกรุงศรีอยุธยาได้ไม่นาน ก็ต้องยอมอ่อนน้อมต่อพม่าอีกครั้ง จากนั้นพม่าก็แต่งตั้งขุนนางมาปกครองโดยตลอด บางครั้งก็มีกระแสการพยายามจะปลดแอกอำนาจพม่าของชาวพื้นเมือง เช่นกรณีของเทพสิงห์ และน้อยวิสุทธิ์แห่งลำพูน ซึ่งสามารถตีเชียงแสนคืนได้ในราวปี พ.ศ.2300 แต่ไม่นานพม่าก็กลับเข้ามาปกครองเมืองเชียงแสนได้อีกจนกระทั่งราวปี พ.ศ.2347พระบาทสมเด็จ
พระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกโปรดฯ ให้เจ้าฟ้ากรมหลวงเทพหริรักษ์ เจ้าพระยายมราชยกทัพขึ้นไปสมทบกับทัพจากเวียงจันท์ น่าน ลำปางและเชียงใหม่ รวมกำลังกันขับไล่พม่าออกจากเชียงแสนเป็นผลสำเร็จ และกวาดต้อนผู้คนลงไปไว้ตามเมืองทั้งห้า การศึกครั้งนั้นเป็นผลให้เมืองเชียงแสนถูกเผาทำลายจนหมดความสำคัญลงไปมาก
ต่อมาในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ราวพ.ศ.2413มีชาวพม่า ลื้อ เขิน จากเมืองเชียงตุง และชาวไทยใหญ่จากเมืองหมอกใหม่ ได้อพยพเข้าไปตั้งถิ่นฐานในเมืองเชียงแสน เจ้าอุปราชราชวงศ์เมืองเชียงใหม่จึงมีหนังสือแจ้งไปยังกรุงเทพฯ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงโปรดฯ ให้อุปราชเมืองเชียงใหม่ไปแจ้งคนเหล่านั้น ให้อยู่ภายใต้การปกครองของเชียงใหม่ถ้าต้องการอาศัยอยู่ต่อไป แต่ไม่มีผู้ใดปฏิบัติตาม ดังนั้นราว พ.ศ.2417 จึงโปรดเกล้าให้เจ้าอินทรวิชยานนท์เมืองเชียงใหม่ และโปรดเกล้าฯให้เจ้าอินต๊ะ นำราษฎรจากลำพูน ลำปาง และเชียงใหม่ ขึ้นไปตั้งถิ่นฐานที่เชียงแสนแทน แล้วยกเจ้าอินต๊ะให้เป็นพระยาราชเดชดำรงเจ้าเมืองเชียงแสนในปี พ.ศ.2472ต่อมาถูกยุบฐานะกลับเป็นอำเภอเชียงแสน ภายใต้การปกครองของ
จังหวัดเชียงรายอีกครั้ง เมื่อวันที่ 9 เมษายน 2500 ถึงปัจจุบัน

เมืองเชียงแสนที่มีความเจริญรุ่งเรืองอย่างสูงในอดีต ปัจจุบันคงเหลือเพียงซากโบราณสถานมากมายซึ่งมีประชาชนเข้าไปรุกล้ำปลุกสร้างบ้านเรือนปะปน ทั้งยังถูกทำลายจากการขุดหาของมีค่าต่างๆ เป็นที่น่าเสียดายที่เมืองประวัติศาสตร์อันสมควรที่จะได้รับการดูแลปกป้องรักษา เมืองโบราณสำคัญที่ไม่ได้ยิ่งหย่อนกว่าโบราณสถานอื่นๆของประเทศไทย ที่น่าจะเป็นมรดกโลกเหมือน
สุโขทัย อยุธยา หรือกำแพงเพชร กลับยังไม่มีหน่วยงานใดๆเข้าไปดูแลจัดการเท่าที่ควร วันนี้เมืองเชียงแสนยังเป็นเมืองท่องเที่ยวเล็กๆอันเงียบสงบ วิถีชีวิตริมฝั่งโขงสามประเทศที่เรียบง่ายมนต์ขลังแห่งเมืองเก่า ที่มีเรื่องราวเล่าขานมากมาย อีกทั้งมรดกด้านศิลปะทรงคุณค่าที่บรรพบุรุษของเราได้ทิ้งไว้ให้ และธรรมชาติอันงดงาม วัตถุโบราณที่พบในอำเภอเชียงแสนนั้นเป็นสิ่งยืนยันถึง
ความรุ่งเรืองของเมืองเชียงแสนในครั้งอดีตทั้งในด้านศาสนาและงานศิลป์ ได้แก่ พระพุทธรูปที่ทำจากเนื้อสำริดที่มีอายุหลายร้อยปีหลากหลายศิลปะหลายสมัย ทั้งศิลปะลังกา สุโขทัย ตลอดจนสมัยอยุธยา ลวดลายชิ้นส่วนงานปูนปั้นที่ขุดพบต่างๆ ตลอดจนพระพิมพ์ต่างๆมากมาย ที่ควรค่าแก่การอนุรักษ์เพื่อเป็นข้อมูลด้านการศึกษาเรียนรู้ประวัติศาสตร์ของชนรุ่นหลังต่อไป